정부가 지방의 기회발전특구에 자리 잡은 중소·중견기업의 가업 상속세를 전면 면제하는 방안을 추진한다. 통합고용세액공제는 ‘계속고용’과 ‘탄력고용’ 중심으로 제도를 개편하고, 반도체 등 국가전략기술에 대해 세액공제해주는 ‘K칩스법’을 3년 연장한다.

기획재정부는 이 같은 내용을 담은 2024년 세법 개정안을 25일 발표했다.

이번 개정안에는 지난 7월 역동경제로드맵에서 발표된 가업상속·승계 제도 개선안과 추가된 방안이 포함됐다. 우선 밸류업·스케일업 기업, 기회발전특구 창업·이전 기업에 대해 가업 상속 공제를 확대하고 공제 한도도 높여주는 내용이 담겼다. 가업상속공제는 10년 이상 운영한 기업의 원활한 가업상속을 지원하기 위해 상속재산의 일부를 과세 가액에서 공제해주는 제도다.

밸류업 기업은 5년간 당기순이익 대비 주주환원액(배당금+자사주 소각액) 비율이 업종별 평균의 120%인 기업이다. 스케일업 기업은 매출액 대비 투자액 또는 연구개발(R&D) 지출액 비중과 증가율이 일정 기준 이상을 충족하고 5년간 고용을 유지한 기업을 말한다.

우선 3가지 유형의 기업에 대해서는 가업상속 공제 매출 기준을 폐지해 모든 중소기업·중견기업이 가업상속 공제를 받을 수 있도록 했다. 밸류업·스케일업 기업에 대해서는 공제 한도도 기존 300억~600억원에서 600억~1200억원으로 확대한다.

기회발전특구 창업·이전 기업은 아예 가업상속 공제 한도를 없애기로 했다. 여기에 가업상속 공제 등이 적용되는 사업용 자산 범위도 임직원 임대주택, 주택자금 대여금 등으로 확대했다.

최대주주 보유주식에 대해 경영권 프리미엄을 반영해 더 많은 세금을 매기는 할증 평가는 폐지한다. 현재 중소기업을 제외한 기업의 최대주주 지분을 상속·증여하는 경우 해당 주식의 가치를 20% 높여 평가한다.

밸류업 자율공시·배당·자사주 소각 등 주주환원을 확대한 상장기업의 법인세를 세액공제 해주는 ‘주주환원 촉진세제’도 신설됐다. 이는 기업의 주주환원 증가분(직전 3년 대비 5% 초과분)에 대해 5%를 법인세 세액공제하고, 주주의 배당소득은 저율 분리과세 한다는 내용을 골자로 한다.

내년 시행 예정이었던 금융투자소득세는 국내 투자자 보호 등을 위해 폐지한다는 방침도 재확인했다. 국내 투자자 보호와 자본시장 발전을 위해 폐지가 필요하다고 보고, 현행 주식 등 양도소득세 체계를 유지하겠다는 정부의 입장이다.

이번 세법 개정안에는 지난달 26일 발표된 ‘반도체 생태계 종합지원 추진방안’의 후속 조치도 담겼다. 정부는 국가전략기술과 신성장·원천기술 연구개발(R&D) 비용 세액공제, 국가전략기술 투자세액공제의 적용기한을 2027년 말까지로 3년 연장하기로 했다.

통합투자세액공제 증가분 공제율도 높인다. 기업 투자 확대를 유도하기 위해 통합투자세액공제의 증가분(직전 3개년 평균 투자액을 초과하는 부분) 공제율을 10%로 일괄 상향한다. 현재는 국가전략기술은 4%, 일반 및 신성장·원천기술은 3%가 적용되고 있다. 시설임차료, 임직원이 아닌 자에게 제공하는 인력개발 비용 등 R&D 세액공제 적용 대상도 확대한다.

정부는 업종별 특성을 고려해 중견기업의 범위도 조정하기로 했다. 현재 조세특례제한법 시행령상 중견기업 기준은 3000억원이며 R&D 비용 세액공제 적용 시 5000억원이다. 중소기업은 업종에 따라 400~1500억원으로 제각각이다. 개정안에는 중견기업의 기준도 업종별로 중소기업 기준의 3배, R&D 비용 세액공제는 5배로 변경하는 내용이 담겼다.

앞서 ‘기업 성장사다리 구축 방안’에서 밝힌 대로 기업규모 증가로 중소기업 기준을 초과해도 세제상 중소기업 혜택을 받을 수 있는 유예기간을 3년에서 5년으로 확대한다. 코스피·코스닥 상장 중소기업의 경우 2년을 추가로 유예해 최대 7년까지 혜택을 준다.

정부는 일반 R&D 세액공제의 공제율 점감 구조를 국가전략기술, 신성장·원천기술 R&D까지 확대하고 통합투자세액공제에도 도입할 계획이다. 중소기업에서 중견기업으로 넘어갈 때 세제 혜택이 점진적으로 감소하는 구조를 만들어 ‘피터팬 증후군’을 완화한다는 취지다. 양영경 기자