세무당국이 국세환급 업무를 부실하게 처리하는 바람에 정당하게 부과된 수십억원의 세금이 부당 환급된 것으로 드러났다.

19일 감사원이 발표한 ‘국세 환급 및 체납관리 실태’ 감사결과에 따르면, 서울 강남세무서는 지난 2009년 8월 A법인으로부터 “인천 소재 토지 양도로 납부한 법인세 30억9700여만원을 환급해달라는 경정청구를 받고 해당 법인세를 되돌려줬다. A법인은 지난 2007년 매도한 토지의 잔금을 지급받기 한달 전인 2008년 3월에 매수자가 A법인 명의로 건축공사를 착공했기 때문에 세무서가 비사업용 토지 매매로 보고 부과한 법인세는 잘못됐다며 환급을 신청했다.

하지만 감사원 조사 결과 A법인은 토지 매매계약 체결 당시 매수자가 A법인 명의로 건축허가 및 착공 신고를 진행하는 것을 승낙했으며, 중도금을 받은 직후인 2008년 1월 매수자가 부동산처분신탁 등을 통해 해당 토지에 대한 실질적인 자산처분권을 갖게 된 만큼 세금부과는 정당했다.

그런데도 강남세무서는 토지 양도일을 제대로 검토하지 않은 채 A법인의 주장을 그대로 인정해 돌려주지 말아야 할 법인세를 부당환급해줬다. 감사원은 해당 업무를 처리한 직원들을 징계할 것과 부당환급된 법인세를 추가징수할 것을 서울지방국세청장 및 강남세무서에 요구했다.

이밖에 서울 역삼세무서는 외화표시 전환사채 현물출자와 관련해 납부한 법인세 13억여원을 환급해달라는 B법인의 경정청구를 처리하면서 관련 법인세법에 명시된 규정을 어기고 외화표시 전환사채의 시가평가액과 장부가액과의 차액을 세무상 손금으로 인정해줬다.

그 결과, 정당하게 부과한 법인세 13억2573만원을 B법인에게 부당 환급해준 것으로 드러났다. 이에 감사원은 해당 세무서장에게 담당직원에 대한 징계 요구와 잘못 환급된 법인세를 다시 징수하라고 권고했다.

<안현태 기자 @godmarx>popo@heraldcorp.com